SARS-COV-2起源浅见 分享原创

本人在读生化博士,主要搞糖类的,也不是病毒学的专业人士。以下见解均为参考一些在wet lab工作的朋友意见还有阅读各方来源综合而成。仅供参考。

首先这个病毒基本不太可能是人工合成的生化武器。

持这个观点的人很多会引用诺奖得主之一的吕克·蒙塔尼耶的观点,还有他支持的某印度作者的预印本(https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.30.927871v1 已被撤稿)中的结论,认为这个病毒和艾滋病病毒有很多联系。

不可否认吕克在发现艾滋病病毒还有其它一些病毒上做出了杰出贡献,这也是他获得诺贝尔奖的原因。但之后他对科学的贡献乏善可陈,之前还有某神棍言论:“DNA可以发出电磁波”。他虽然自称还在科研圈子里,但已经脱离实验室一段时间了。近日还有另一争议言论说疫苗不是这次大流行的终极解决方案,因为疫苗产生的免疫力会对病毒产生选择压力,导致变异病毒的产生。平心而论这话并没有大错,也是可能性之一。遗憾的是被诸多anti-vaccine媒体歪曲引用,诸如“打完疫苗后两年人都会死”。暂且不表。

以上都是对他credit的臆测,不具有什么决定性。真正的原因是这个结论根本立不住。一个专业的受过训练的dry lab biostatistician很容易验证吕克等人的结论。由于病毒基因组长度不短,短的重复序列可以在很多病毒中发现。所有数据都是公开的,如果你有edu的邮箱,可以去 https://www.epicov.org/ 注册账号。不想注册的,也可以用NIH的web blast界面 https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi,可以用blastp。这个是专门搜索蛋白质的,也是作者用的算法。注意要亲自尝试搜索的时候要把sars-cov-2的结果除去,然后要把最大返回结果数设置的大一些否则你会看到返回的结果都是从它来的。

让我们看看作者声称的和HIV相似短序列都是啥:

上图是作者声称的sars2比sars1多的短序列: “GTNGTKR” (IS1), “HKNNKS” (IS2), “GDSSSG” (IS3) and “QTNSPRRA” (IS4)(注:这些字母是氨基酸代号)

下图是作者认为的上面四个片段是如何与hiv病毒相关的。片段一和二,HIV里有六个氨基酸可以重合。片段三,包括前面一段的氨基酸序列,hiv比sars2多了三个氨基酸。片段四,hiv在8个氨基酸中间又插入了一大坨。

让我们看看片段2(HKNNKS)的搜索结果。。哇,这些奇奇怪怪的都是什么?sars-cov-2是不是中共在实验室里果蝇(Drosophila elegans)造出来的啊?

( 由 作者 5月30日 编辑 )
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5月30日 287 次浏览
17 个评论

上面这个可以说是石锤立不住的。下面的都是一些可能性,不能完全定论。

先说点不太相关但又有联系的。这里推荐另外一个网站。可以将基因库数据可视化。

https://nextstrain.org/ncov/global?l=clock

在这个界面上可以用基因钟的形式显示病毒变化速率。每年大概25个核苷酸变异速率。是流感病毒的约1/4。按照流感病毒的情况,我们可能大概也许需要每两年更新一下疫苗。吕克所说的疫苗会促使病毒定向变异的情况不必过于担心。当然这只是我的个人看法。

再次声明以下观点没有得到科学界公认,为个人看法。

这张图肯定很多人都看见过了

其中致死率高的病毒认为的可能的原因之一是它们本身的宿主并不是人类而且和人类差得太远。一个成功的,充分与宿主共同进化的病毒是会向着高传染率,低致死率方向进化的。比如禽流感,mers,埃博拉,sars1明显属于前者。而后者例如季节性流感。季节性流感其实祖先也是高致死率的禽流感,然而在中间宿主和人传播途中中适应了人的环境,变成了更容易传播且致死率下降的病毒。比如1918年的大流行的病毒之后逐渐变成了现在的季节性流感(这个在nextstrain的网站上有,感兴趣的可以看看)这也不难理解:一个上来就让宿主迅速失去活动能力甚至致死的病毒给宿主到处活动传播的空间很小。

这和我想说的有什么关系呢?

sars-cov-2这个病毒显然不属于禽流感这个类型,而是适应人体环境比较好的那一种。也就是说,这个病毒必然在中间宿主或者人体环境内充分适应了很长时间。如果真的是从sars1或者其近亲开始的,考虑到这个病毒较慢的突变速度,这一过程大致会有几十年,也就是超出了实验室定向培养的时间范畴。当然,非要说武汉研究所的人特别幸运,从野外直接采集到了完美适应人体的病毒,或者实验室定向培养很快就拿到了这个病毒,那也不是完全没有可能,只是。。。大概几率和连中好几次彩票头奖差不多吧。

( 由 作者 5月30日 编辑 )

明天更一下剩下的部分,关于实验室是否可能直接制造出来一个新病毒,比如石正丽被诟病颇多的那篇 Nature Method:https://www.nature.com/articles/nm.3985

一些目前有的可能起源的理论。

中共为什么不想让人来武汉调查。

如果真的是实验室泄露,情形可能是怎样的。(这部分请当小说或者发梦来看)

你説的作者認爲有4処insert片段會造成相似性。但是你只單獨搜尋了片段2在全部數據庫裏的樣本,那麽同時符合這4処描述的其他例子有多少呢?

习特厚
钦明方泽忘了密码 习特厚:习近平特别受到人民厚爱

@Truth #141065

片段一和二,HIV里有六个氨基酸可以重合。片段三,包括前面一段的氨基酸序列,hiv比sars2多了三个氨基酸。片段四,hiv在8个氨基酸中间又插入了一大坨。

长度为6的序列已经够搞笑了,后面长度为8的序列中间还有插入,简直国际玩笑。

新冠病毒的序列长度大概是30000. 用最简单的方法估算一下,给定任何一个连续的六碱基序列,新冠病毒里出现该序列的概率的下界是多少?

1-(1-(1/4)^6)^(30000/6) = 0.705

这是下界,实际概率比这个还要高。这样的概率不要说出现四个,出现十个都不能说明什么问题。0.705^10=0.03

让我来审这种文章,我会直接拒稿。对比这么短的rna片段根本没有任何意义。

刘慈欣 反共复民

DNA发射电磁波的那个是法轮功提出的,而且甚至还被他们发到了品韭里面:https://pincong.rocks/video/3722

消极 (男)消极自由需要积极的个人主义来维护

@刘慈欣 #141095 热辐射是普遍存在的,其功率正比于绝对温度的四次方:Stefan-Boltzmann Law

自由且迷茫
KingSager 祗园精舍钟声响,诉说世事本无常。沙罗双树花失色,盛者必衰若沧桑

有没有可能是实验室的动物被原始病毒(蝙蝠身上的)感染以后进化出了一种新型的适合人类的病毒(也就是现在的sars-cov-2)?也就是说实验室里的其他动物扮演了中间宿主的角色,然后由于种种原因比如实验动物尸体处理不当之类的,导致病毒进入人类社会?

(之所以会有这个想法是因为我曾经看到过一个知乎问题问实验室的兔子可不可以吃,下面居然有很多人表示吃过,还有人说有人专门收购的,我惊的下巴都掉下来了。

家兔
首都卫队 敺�翰......撣峕�𥕦�甇扎��銝滩�霈�

@KingSager #141168 胡扯时间:考虑到病毒结构相对简单且没有孢子一说,在适当的处理(参考高压锅与灭菌釜)后或许有作为一般食物的可能。当然,普里昂蛋白除外

( 由 作者 5月30日 编辑 )

@钦明方泽忘了密码 #141068

这个是氨基酸,不是核苷酸。

@刘慈欣 #141095

这位诺贝尔奖得主也做出了类似的发言

@KingSager #141168

这确实是很常见的行为。你随便去中国大学的生物实验室问问就能知道。(现在这个变得敏感的不好说)实验用鸡蛋一个7块钱,比超市里最好的有机鸡蛋还金贵。兔子什么的也有果腹的。

@Truth #141065

后两处甚至都没对上,不提。作者对上的部分也不是来自于同一个HIV蛋白,甚至都不是同一基因型。把前两处连在一起搜索也可以找出大量结果。不截图了,分别搜索GTNGTKR,HKNNKS,除去sars-cov-2,设置filter:percent identity和query coverage 都为100,然后按照scientific name排序,对照一下两边列表你能找到几个相同的生物,说明这个生物的蛋白质分别具有两个序列。看了一下大部分都是细菌。。按照印度预印本的逻辑也许我可以据此搞个大新闻说这个病毒是借用了细菌的基因lol

@Apoptosis #141252

好的,謝謝

@Apoptosis #141244 我在中国读书的时候吃实验的石斑鱼。

派乐迪
愛牛奶盒的人 你們可不能混瑤哦~

瑤瑤想給作者點好多個讚,作者快更新給大家學習一個吧。

@消极 #141290

您比较强大,可以分享一下口感

@Apoptosis #142474 和市面上的一样

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没有事实,只有诠释。 ——威廉·尼采(德国)